自動拋光機拋操作的關鍵是要設法得到大的拋光速率，以便盡快除去磨光時產生的損傷層。同時也要使拋光損傷層不會影響觀察到的組織，即不會造成假組織。前者要求使用較粗的磨料，以保證有較大的拋光速率來去除磨光的損傷層，但拋光損傷層也較深；后者要求使用細的材料，使拋光損傷層較淺，但拋光速率低。

自動拋光機解決這個矛盾的好的辦法就是把拋光分為兩個階段進行。粗拋目的是去除磨光損傷層，這一階段應具有大的拋光速率，粗拋形成的表層損傷是次要的考慮，不過也應當盡可能小；其次是精拋(或稱終拋)，其目的是去除粗拋產生的表層損傷，使拋光損傷減到小。自動拋光機操作比較簡單，操作人員只需將要拋光的物件事先擺放在相應的夾具之上。將夾具固定在自動拋光機工作臺上。

啟動自動拋光機，自動拋光機在設定時間內完成拋光工作，自動停止，在從工作臺上卸下物件即可。自動拋光機拋光前，需要調整好拋光頭與工作臺面的距離。以達到好的接觸效果，拋出好的效果啊。拋光過程中可以使用手工打蠟，以降低機器制作成本。達到拋光效果，主要依靠使用方工藝安排。選用什么樣的拋光輔料。影響拋光效果的因素有：要拋光物件材質，拋光輔料，工藝安排。物件材質不同，工藝不同。這是一個自動拋光機的弊端，也代表自動拋光機的巨大潛力。一般有從事多年自動拋光工作的師傅。都可以能試驗出拋光工藝。簡單的說：如塑料拋光，所使用的電機轉速就比較低，摩擦產生熱有可能燒毀物件。所使用的拋光輔料偏軟、偏細等等。工藝安排過程中，如進行表面處理，就要做拋光試驗，老化試驗等等。正規(guī)企業(yè)，都會設定一個職務負責此項工作。職位名稱即是工藝師。好的工藝師也是拋光效果達到的保障之一